- O lugar em que o gene é inserido não pode ser controlado completamente, o que pode causar resultados inesperados uma vez que os genes de outras partes do organismo podem ser afectados;
- Há um considerável aumento do número de casos de pessoas alérgicas a determinados alimentos em virtude das novas proteínas que são produzidas pela alteração genética dos alimentos;
- Além dos riscos para a saúde, também há os riscos ambientais como o aumento considerável de resíduos de pesticidas, pois alguns dos produtos transgénicos adquirem resistência aos efeitos dos agros tóxicos, necessitando de um uso mais intenso do agro tóxico, e os restos poderão escoar para os rios e solos, contaminando o lençol freático e diminuindo a potabilidade da água;
- A uniformidade genética leva a uma maior vulnerabilidade do cultivo porque a invasão de pestes, doenças e ervas daninhas sempre é maior em áreas que plantam o mesmo tipo de cultivo. Quanto maior for a variedade genética no sistema da agricultura, mais este sistema estará adaptado para enfrentar pestes, doenças e mudanças climáticas que tendem a afectar apenas algumas variedades;
- Pragas e doenças poderão tornar-se resistentes se houver a transferência do gene resistente para eles;
- Alguns organismos que eram antes cultivados para serem usados na alimentação estão a ser modificados para produzirem produtos farmacêuticos e químicos. Essas plantas modificadas poderiam fazer uma polinização cruzada com espécies semelhantes e, deste modo, contaminar plantas utilizadas exclusivamente na alimentação.